Come in altri centri della Valle Camonica, anche a Niardo, non avendo significative testimonianze della presenza in epoca preistorica di insediamenti umani, la presenza romana è invece testimoniata da alcuni nomi di località che sono giunti, senza particolari distorsioni toponomastiche, fino ai nostri giorni come Sommavilla (da Imavillae) o Codrobe.
La presenza dei Longobardi, in epoca post-romana e medievale è invece ben radicata tanto che il nome stesso del paese risale a questo periodo storico.
Dopo la battaglia al passo del Mortirolo Carlo Magno donò, nel 774, tutta la Valle Camonica al potente monastero francese di Tour che riscuoteva alcune decime anche nel sito su cui doveva già sorgere un piccolo agglomerato di case rurali.
Già sotto i discendenti di Carlo Magno (che avevano confermato le prerogative, i diritti e i privilegi ai monaci francesi) il borgo di Niardo era soggetto alla grande e antica Pieve di Cividate (da cui dipendevano altre 37 parrocchie) e quando, nel 970, gran parte la Valle Camonica passò sotto i possedimenti del monastero bresciano di Santa Giulia, per la prima volta venne citato il nome di Gnardo facendo riferimento alle terre poste poco a nord di Breno e a confine con quelle di Cimbergo.
Questa denominazione resterà ufficiale per quasi novecento anni: fino al secolo scorso. Intorno all'anno Mille alcuni membri della famiglia Rodondesco, diretti valvassini della potentissima contessa Matilde di Canossa, di cui erano anche parenti, stabilirono la propria residenza a Niardo.
Apparteneva a questa nobile famiglia anche quel Costanzo che, nato nel 1066, partecipò, con altri membri della stessa stirpe alle lotte cruente tra guelfi e ghibellini che sconvolsero e divisero a lungo e in modo sanguinoso anche molti paesi e famiglie della Valle Camonica.
Costanzo era di parte guelfa e dunque difendeva gli interessi del Vescovo di Brescia (che aveva anche il titolo di Duca di Valle Camonica), ma era noto anche fuori dalla ristretta cerchia dei propri parenti e famigli che non condividesse molte delle direttive politiche e imposizioni feudali che erano imposte dalla potente Curia.
Durante un furioso scontro armato in cui molti amici e nemici rimasero uccisi e mutilati, rimase ferito, abbandonò la vita militare, la famiglia e si ritirò in eremitaggio in una grotta nei pressi di Nave.
Massima espressione di governo e di diretta amministrazione locale su base popolare, la "Vicinia" di Niardo fu una delle prime a formarsi e a gestirsi in Valle Camonica.
Nata in contrapposizione allo strapotere e alle angherie dei feudatari locali, la Vicinia si realizzò per amministrare alcuni beni e proprietà comuni per poi trasformarsi in un vero e proprio organo amministrativo che in seguito subendo ulteriori modifiche giunse a formare il primo embrione dell'entità comunale.
Era retta da "Consoli" eletti ogni anno dai capifamiglia (nominati come "fuochi" = nuclei familiari) e residenti (nominati come "Originari") e coadiuvati nelle pratiche amministrative dai "Reggenti".
Compito principale era quello di regolare uno sfruttamento equo del patrimonio comune formato da boschi, segherie, forni, fucine, calchere, mulini, segaboli e dalle numerose malghe e alpeggi.
Questi beni erano dati in appalto ai cittadini che ne facevano richiesta e assegnati tramite incanti pubblici che si tenevano in piazza, la domenica, dopo la Messa Grande.
Le riunioni della Vicinia si tenevano nella casa comunale e, durante il periodo invernale, per il freddo, nelle tiepide e accoglienti stalle.
L'elezione dei Consoli e dei Reggenti avveniva per ballottaggio (con delle "balle" = palle) in quanto la maggior parte degli aventi diritto al voto (i Vicini) erano analfabeti.
Nelle riunioni generali venivano prese tutte le decisioni che poi regolamentavano i rapporti, non solo tra i "vicini", ma anche con la Curia e i feudatari.
Niardo, per gli studiosi di storia locale, ha assunto anche una certa rilevanza nel complesso e variegato cammino delle genti della Valle Camonica poiché proprio tra un niardese, Alberto fu Filippo della famiglia dei Fulchesoni, due nobili di Breno: Lanfranco Federici e Viscardo Brusati, Ottinello di Berzo, Maifredo Falcone di Esine e i rappresentanti dei "Vicini" del borgo che furono, in un primo documento ufficiale, stipulate delle convenzioni e perciò veniva riconosciuta la realtà e l'esistenza della "Vicinia".
L'importanza assunta dal paese di Niardo e dal suo territorio venne attestata dal fatto che nel già 1100 aveva ottenuto la concessione di detenere il fonte battesimale.
Era un privilegio notevole per quel tempo, che dava notevole autonomia, anche amministrativa, oltre che religiosa, staccandosi definitivamente dalla Pieve di Cividate.
Questo nuovo status era concesso solo ai paesi più importanti della Valle Camonica e Niardo potè così disporre di propri sacerdoti e chierici ma specialmente raccogliere e gestire direttamente le decime e le donazioni.
Forse in relazione all'importanza del paese, gli Umiliati, religiosi laici, già diffusi in Valle con alcune potenti "case", noti specialmente (ma non solo) per l'abilità nella lavorazione della lana, fondarono nella zona due loro conventi che ben presto assunsero notevole rilevanza economica.
Nell'anno 1168 Graziadio di Niardo fu eletto Console della Valle Camonica. La prestigiosa carica, che poteva essere assunta solo dai personaggi più noti, ricchi e stimati della valle, comportava grande potere e molta libertà di iniziativa nell'amministrare la giustizia civile e criminale.
Il figlio di Graziandio, Obizio era alla testa di una "centuria equestre" (= cento cavalieri) quando nel 1191 partecipò alla famosa e cruenta battaglia della Malamorte tra bresciani e bergamaschi che si contendevano le zone di confine nell'Alto e Basso Sebino (le attuali terre di Costa Volpino e Sarnico).
Durante questa battaglia il ponte in legno sul fiume Oglio presso Palazzolo, attraverso cui i Bergamaschi sconfitti stavano cercando la salvezza incalzati dai Bresciani, crollò sotto il peso degli armati a cavallo e dei combattenti e travolse molti soldati.
Anche Obizio, caduto in acqua e impossibilitato a risalire sulla fangosa sponda, rischiò di morire e sconvolto dall'episodio decise di cambiare radicalmente vita e da guerriero professionista divenne un umile penitente (oblato) al servizio delle religiose del convento di Santa Giulia a Brescia.
L'ingente patrimonio di Obizio fu diviso testamentariamente in vari capitoli tra cui la "legittima" fu lasciata alla moglie e ai figli, ma la gran parte venne distribuita ai poveri e col restante (sempre una fortissima somma) fu costruito il famoso e grande (per l'epoca) ponte Minerva, a sud di Breno.
Alla costruzione di questo importante manufatto presenziò lo stesso Obizio che diresse di persona anche i lavori.
Da allora, su quel ponte, per attraversare il fiume Oglio non si dovettero più pagare i pesanti pedaggi imposti dalla Curia e dai suoi vassalli. La famiglia Obizi era schierata con i Ghibellini e perciò Niardo (feudo di questa famiglia) era dalla parte dell'imperatore.
Con le sue genti e i famigli di cui si era circondata questa stirpe di guerrieri, fu protagonista di numerosi cruenti scontri armati con i Guelfi, che appoggiandosi alla Curia di Brescia, volevano che la Valle Camonica perdesse quella notevole autonomia che lo stesso imperatore Federico Barbarossa aveva più volte sancito e riconfermato.
Il culmine della lotta tra le due fazioni si compì nella strage di Guelfi che fu compiuta a Iseo. In questo grosso paese del basso lago Sebino i Ghibellini camuni (tra cui rilevanza notevole avevano quelli di Niardo), con altre truppe valligiane, assediarono e poi snidarono dal castello i Guelfi che, in attesa di aiuti da Brescia, vi si erano rifugiati.
Fu un massacro talmente cruento che, malgrado i tempi non certo nuovi a simili stragi, il Vescovo di Brescia, in difficoltà anche militare, si disse talmente indignato che emanò una scomunica e un bando contro tutti coloro che avevano partecipato a quell'impresa e all'eccidio.
Nella bolla vescovile erano promessi anche dei grossi premi a chi "arrestasse o uccidesse i Ghibellini e a chi bruciasse le loro case fortificate, le loro rocche e le loro abitazioni". Tra i colpiti da questo pesante bando, che comunque non ebbe nessun effetto pratico, era citato anche Romelio, feudatario di Niardo, che tranquillo continuò a vivere indisturbato nelle sue terre, dopo un breve periodo trascorso in Val Tellina.
Fino al 1397 le lotte, le faide, le vendette e le stragi tra guelfi e ghibellini restarono radicate profondamente nella quotidianità dei rapporti tra le due fazioni e continuarono anche quando tutta la Valle Camonica passò sotto i Visconti.
Questi intraprendenti e spregiudicati signori milanesi stavano raggiungendo l'apice della loro potenza e le loro terre ormai comprendevano gran parte del nord Italia. Nella loro politica di espansione subito approfittarono della presenza dei propri delegati e delle truppe milanesi in Valle Camonica, chiamate per svolgere un ruolo di paceri ed arbitri, e in breve divennero i nuovi padroni della zona.
La politica dei Visconti fu quasi subito improntata a favorire la parte ghibellina per opporsi alle pretese, sulle valli alpine bresciane, della Curia che venne espropriata di quasi tutte le sue prerogative feudali che vennero elargite a quelle famiglie di nobilotti locali che si erano subito avvicinate servizievoli al nuovo padrone.
La famosa pace generale che si era tenuta al ponte di Minerva a Breno, ratificata solennemente e pomposamente con grandi giuramenti nel 1397, durò ben poco e le faide ripresero tanto che nel 1403, la rocca di Niardo, che sorgeva sul "Dos del Castel", divenne il rifugio abituale di quel Baroncino Nobili da Lozio, che molte volte, lontano dalle sue terre nella stretta e ben difesa valle di Lozio, proprio dal castello niardese partiva per le sue cruente spedizioni e per le numerose scorrerie che tanti lutti e danni materiali produssero tra i Ghibellini.
Nel 1428 la Serenissima Repubblica Veneta, dopo vari scontri durissimi con le forze del ducato milanese, conquistò la Valle Camonica. Le vicende di questa guerra Veneto-Milanese proseguirono a lungo e con alterne vicende, la Valle venne riconquistata dai milanesi nel 1438, Venezia la riconquistò lo stesso anno, la riperse nel 1453, ma poi, con la pace di Lodi, tutte le valli bresciane passarono definitivamente sotto la Repubblica di San Marco che applicò subito i suoi statuti e le sue leggi che limitavano notevolmente il potere dei feudatari e delle nobili famiglie locali.
Molte furono comunque le leggi e le tradizioni locali che vennero rispettate e codificate e questo permise un lungo periodo di relativa pace e tranquillità (per quei secoli). Per quasi tre secoli questa stabilità politica portò anche un certo benessere e un discreto sviluppo economico di cui beneficiarono i commerci e le attività artigianali.
A Niardo sorsero, come in altri borghi della Valle, delle segherie per la lavorazione dei tronchi di alberi, abbondanti nei boschi sopra il paese, vennero impiantate delle falegnamerie che sgrezzavano e piallavano il legname e, seguendo una tradizione radicata in tutta la zona, furono attivate delle fucine, per la lavorazione dei materiali ferrosi, in cui erano occupati parecchi abitanti della zona.
Nel 1478 Giacomo Recaldini (Jacobus Recaldinus) da Niardo fu sindaco della Valle Camonica. Orazio Recaldini (Horatius Recaldinus) ricoprì la stessa prestigiosa carica nel 1596, nel 1603 e nel 1609. Nel 1530, per sei mesi, la peste colpì la zona e numerose furono le vittime tra gli abitanti di Niardo. Esattamente cento anni dopo, nel 1630 il paese fu invaso dalle orde dei Lanzi (chenecchi) che, passando per la Valle per dilagare nella pianura, lasciarono, come ricordo del loro infausto passaggio, oltre alla completa spogliazione delle proprietà e numerose violenze, anche la terribile e famosa epidemia pestifera che durò quasi due anni e che fece moltissime vittime riducendo di quasi un terzo gli abitanti del paese.
Anche la natura e la collocazione fisica del borgo di Niardo hanno voluto, nei secoli, il loro contributo di vittime e danni e oltre ai ricorrenti devastanti incendi, nel 1634 e nel 1644 delle piene disastrose dei torrenti Re, Fa e Cobello travolsero numerose officine e abitazioni poste sulle loro sponde.
Grandi furono i danni tant'è che il governo della Serenissima Repubblica Veneta stabilì di non riscuotere tasse e tributi ma inviò aiuti, sussidi e derrate alimentari per alleviare le difficoltà della popolazione. Sempre sotto la dominazione Veneta furono soppressi i privilegi feudali, le prerogative e le proprietà di numerosi monasteri tra i quali quello ricchissimo e potente di Santa Giulia a Brescia dove erano conservate, dalla loro morte, le spoglie dei santi di Niardo Costanzo e Obizio.
Il corpo di San Costanzo venne trasferito a Nave (dove aveva vissuto in ritiro gli ultimi anni di vita) mentre quello di San Obizio, dopo oltre duecento anni di inutili suppliche e domande, nel 1798, all'alba del periodo napoleonico, ritornò al suo paese natale in cui tuttora è venerato.
Durante la dominazione dell'Impero Asburgico Niardo subì, come altri centri camuni, una profonda crisi economica poiché le ordinazioni di materiale ferroso e dei suoi lavorati (asse portante dell'economia e dell'occupazione della zona) crollarono per la concorrenza di quelli prodotti, a minor costo, in altri domini dell'impero.
Anche la famiglia più in vista del paese, i potenti Recaldini che tanto lustro avevano dato alla storia di Niardo nel corso dei secoli, che basavano la loro ricchezza quasi esclusivamente sulla lavorazione del ferro, subirono gravi perdite e andarono, in breve tempo, al completo tracollo finanziario.
La crisi economica generale si fece ancor più profonda negli anni in cui la zona venne colpita da grandi carestie. Nel 1815, 1816 e nel 1817 queste piaghe sociali ed economiche distrussero gran parte del tessuto sociale della valle e forse furono la condizione iniziale per l'affermarsi di terribili epidemie (tifo petecchiale, vaiolo ecc) che falciarono numerosi abitanti.
Molti Niardesi, come tantissimi altri Camuni, dovettero prendere la dura via dell'emigrazione in terre lontane per poter ricercare una vita dignitosa. Oltre ai già citati santi Obizio e Costanzo, Niardo diede i natali (19 marzo 1844) anche a Giovanni Scalvinoni che diventerà poi il beato Innocenzo da Niardo.
Nel XX secolo il piccolo paese ha seguito le vicende storiche e politiche dei borghi vicini e solo verso gli anni '70 un buon sviluppo edilizio, specie verso sud-ovest e nelle aree prospicienti la strada statale del fondovalle, ha allargato l'antico borgo che conserva nel suo centro storico le abitazioni delle antiche e nobili famiglie niardesi.